La Copa de la UEFA 1998-99 se disputó entre julio de 1998 y mayo de 1999, con la participación total de 104 equipos distintos, representantes de 49 federaciones nacionales afiliadas a la UEFA. Para la clasificación a la fase final de la competición se disputaron dos rondas previas, donde 20 equipos se unieron a los otros 44 clasificados directamente para la fase final.
La final, a partido único, se disputó el 12 de mayo de 1999 en el estadio Olímpico Luzhniki de Moscú, en Rusia, y enfrentó al Parma y al Olympique de Marsella. El equipo transalpino se impuso por un contundente 3-0, logrando así su segunda Copa de la UEFA y cuarto título europeo, sólo 9 años después de su debut en la Serie A italiana.
Rondas previas de clasificación
Primera ronda
Segunda ronda
Treintaidosavos de final
Dieciseisavos de final
Rondas finales
Final
Máximos goleadores
